Durante el Mundial de Atletismo de Berlín, horas antes de proclamarse campeona de los 800 metros, fue sometida a un análisis de género, los motivos lo refleja esta foto: su aspecto físico y la diferencia sacada a sus rivales.
El Daihly Telegraph de Sidney aseguraba que Caster Semenya no tiene ovarios ni matriz, pero sí testículos internos, y que tenía un nivel de testosterona tres veces superior a la media femenina. Por todo lo cual, concluía que su género debe ser hermafrodita.
Por otro lado, el secretario general de la Federación Internacional de Atletismo declaraba que: “Está claro que es una mujer, pero a lo mejor no al cien por cien”. La IAAF consideraba la posibilidad de otorgar una segunda medalla de oro a la segunda clasificada.

El presidente de la Asociación Sudafricana de Atletismo, Leonard Chuene, ha sido suspendido de su cargo por la Confederación Deportiva y Comité Olímpico de Sudáfrica (SASCOC), acusado de manipular políticamente el caso de la atleta y de no respetar sus derechos. Esta decisión se tomó tras estudiar un informe de como manejó la ASA las pruebas de sexo hechas a Semenya.
Ahora, con el mal ya hecho, y un poco tarde la Federación Sudafricana de Atletismo emitió una disculpa formal dirigida a la Campeona del Mundo de los 800 metros, Caster Semenya, por la manipulación de los tests de verificación de su género.